河内司马氏为中古高门士族，晋朝皇室，在东汉时期就已经是世家大族，曹魏时期权倾朝野，后经司马懿、司马师、司马昭三任持续把持曹魏朝政，最后由司马昭之子司马炎于魏元帝咸熙二年（265年）使曹奂禅让于己，改国号为晋，建立了晋朝，司马氏成员一跃而就成为皇室家族。
司马炎在位时期，吸取前世教训，给予皇族兵权与封国，司马炎死后，其子司马衷继承，诸藩王前后争夺权力，史称八王之乱，使边境少数民族南下，驱逐了中原王朝的势力。
以琅邪王司马睿为首的司马氏皇族南渡建康（今江苏南京）建立东晋，维系司马氏的统治，而实权长期被士族把持。
晋安帝在位时期，谯国人桓玄击败了东晋的皇室与军阀势力，迫使晋安帝一度禅让与桓玄，改国号为楚。后北府将领刘裕起兵讨伐桓玄，拥立晋安帝复位，司马氏权力彻底旁落于军阀，司马氏元气大伤。
元熙二年（420年）刘裕讽晋恭帝司马德文禅位于己，建立刘宋，降封司马德文为零陵王，又于第二年使人暗杀了司马德文，葬于冲平陵。
此后，一部分司马氏作为零陵王仍然在南朝延续祭祀，而一部分司马氏为了逃避晋末刘裕的迫害，流入北魏，仍称河内温县人。南北朝末期，关中政权北周与隋朝相继进行统一战争，司马氏后裔司马消难原仕北齐，后降北周，与尉迟迥起兵讨伐杨坚败，降陈朝。陈朝为隋朝所灭，司马消难去世，此后司马氏门宗凋零，逐渐销声于史书。
发展历史
汉魏时代，河内司马氏文化特征的形成与河内地域社会风气的变迁具有密切关系。将司马氏家族视为东汉中后期兴起的新兴文化家族，似乎比笼统地将其称为儒学大族更为合适。河内乡里社会对司马氏家族崛起的作用不可忽视，司马氏正是借助乡里交往、通婚网络，从河内地方进入中央政治舞台，从一个普通的地方大族，一跃而成为皇族。
河内司马氏起源于秦末殷王司马卬八世孙，晋宣帝司马懿的高祖父司马钧，汉安帝时任征西将军，军事才能出众，后在狱中自杀而死。司马钧生司马量，官至豫章太守。司马量生司马儁，官至颍川太守。司马儁生司马防，历任洛阳令、京兆尹，年老后转拜骑都尉，养志闾巷，阖门自守。司马防有八个儿子，依次为司马朗、司马懿、司马孚、司马馗、司马恂、司马进、司马通、司马敏，俱知名，因每人的字中都有“达”字，故时号“八达” 。正始十年（249年）司马懿见曹爽以为年届70岁的他无力反扑，遂发动政变（高平陵事变），控制魏国的实权。
西晋时代
司马懿二子司马师、司马昭继承了司马懿的权柄，在镇压淮南三叛、废立齐王曹芳，指使弑杀了魏帝曹髦，清除异己，排除司马氏改换朝代的阻碍，并于景元四年（263年）发动了灭亡蜀汉的战争，俘虏蜀主刘禅，加封晋公、相国，位极人臣，时谓“司马昭之心路人皆知”，他离取代皇位，称帝开国只差一步之遥。
可惜却天不假年，司马昭于咸熙二年（265年）逝世于洛阳，将权柄传给其子司马炎。司马炎沿袭其父的道路，加封晋王、九锡等封号。咸熙二年（265年）十一月，司马炎策动群臣请示下，魏元帝曹奂正式将皇位禅让于晋王司马炎，曹魏政权终结，西晋开始，司马炎封曹奂为陈留王。
司马炎西晋开国初期，尚未统一中国，南方的东吴政权仍与晋朝对峙，司马炎展现出名君风范，选用贤臣名将，逐渐安定了晋朝政权，于太康元年（280年）灭吴，三国时代终结，西晋成为继秦朝、西汉、新朝、东汉之后第五个统一中国的封建王朝，司马炎在位时期，战乱的中国国力有所恢复，时称“太康之治”。
司马氏本出自世家名族，取代了曹魏后，因为曹魏宗室势力贫弱，没有阻碍司马氏三代逐步执掌政权的步伐，同时朝廷之上又有原来与司马氏相近、且身份显贵的功臣望族，于是司马炎汲取教训，大量分封司马氏族人为诸侯王，以守卫司马氏家族的统治。但司马炎的继承人，太子司马衷自幼愚钝，不识世事，没有统治晋朝的能力。
太康十年（290年）司马炎驾崩，司马衷继位，皇后贾南风把持了政权，籍皇帝之名发号施令，司马氏诸王无法容忍，赵王司马伦起兵杀贾南风后，又以司马衷之长辈而尊其为太上皇，自立为帝，又遭到讨伐，一度政局混乱，司马衷被劫持，四处流浪，史称“八王之乱（代指晋惠帝在位时期，以东海王司马越、成都王司马颖、赵王司马伦、河间王司马颙、长沙王司马乂、汝南王司马亮、楚王司马玮、齐王司马冏八人为代表的晋朝宗室为争夺权位，互相攻讦的时代）。”
在八王之乱时代，诸侯王互相攻伐，时值匈奴、氐、羌、鲜卑、羯族五胡部民大量内徙于关内，附庸于晋朝统治生活，此时由匈奴族领袖刘渊在西河郡左国城揭竿而起，自称汉王，公开反抗晋朝的统治，氐族领袖齐万年、西蜀氐族领袖李特等纷纷趁乱起兵，反抗晋朝，晋朝镇压不力，且在内战中消耗了大量资源，无力阻止内忧外患。
汉赵国君刘渊于永嘉五年（311年）攻占了西晋的首都洛阳，俘虏晋怀帝司马炽，建兴四年（316年）攻破长安，俘虏晋愍帝司马邺，刘聪俘虏晋朝二帝，不久双双遇害于平阳，西晋灭亡。
东晋时代
西晋末年，右丞相、琅邪王司马睿为晋朝宗室，镇守南方，在以王导为首的一批幕僚拥护下，于丹阳建康（今江苏南京）登基称帝，继承晋朝国祚，史称东晋，招抚大量中原士族躲避胡族政权，南渡效力于东晋，司马睿亦为琅邪王氏所拥立而不安，时人语“王与马，共天下”，东晋时代司马氏共有十位皇帝，政治多由门阀士族所专，君主垂衣拱手而已。时值五胡入侵后，纷纷在关内建立政权，与东晋相战。中国进入东晋十六国并立的时代。
东晋内政多家士族共同秉持，但因司马氏皇权旁落，东晋内部亦争斗不休，曾爆发王敦之乱、苏峻之乱、桓玄之乱等多次内战，司马氏皇族的声望和权位大受打击。
东晋大将祖逖、庾亮、桓温、谢安等人亦组织多次北伐，抵御五胡政权入侵，并取得一定战绩，其最着名战役莫过于太元八年（383年）谢玄于淝水之战率领北府兵大败前秦天王苻坚的大军，前秦政权因此迅速衰亡，但由于无法维持战果，终与十六国政权相持不下，中国因此进入长期分裂。
淝水之战后，晋孝武帝司马曜在谢安等人相继病逝后，主持朝政，又与其弟司马道子争权。太元二十一年（393年）司马曜被意外杀害，太子司马德宗继位。司马德宗天生不能自事，精神错乱，不能语言，经常深居简出，国政旁落司马道子父子，桓温之后桓玄趁机在荆州，凭借桓氏在荆州的势力，制造混乱，挑起内战，吞并了其他州部的领地 与司马道子、司马元显相攻，东晋再次陷入局势不稳。
元兴二年（403年）桓玄在击败司马元显、逼死北府将领刘牢之后，实际掌握了东晋政权，于同年废晋安帝为平固王，取代晋朝，自称楚帝。北府残党刘裕利用桓玄当时迫害北府将领的契机，纠合反对桓玄的将领，在京口城起兵，移檄州郡，宣布讨伐桓玄、恢复晋朝。桓玄轻视刘裕，与战不利，数月后在逃亡途中被杀，晋安帝司马德宗复辟，刘裕作为义军盟主，实际主持了东晋政权，司马氏仍为傀儡。
刘裕在南征北战中，连续消灭南燕、谯蜀、后秦等十六国政权，并排除异己，为取代司马氏铺平道路，期间有多名司马氏皇族成员受到刘裕迫害，出亡北朝，起事反抗刘裕。义熙十四年（418年）刘裕暗杀晋安帝司马德宗，拥立司马德文为帝，元熙二年（420年）司马德文将皇位禅让于宋王刘裕，晋朝终结，南朝宋建立。
南北朝以后
刘裕封司马德文为零陵王，食邑一郡，允许使用天子仪仗和旌旗，旗帜服色一依晋朝旧礼。但在永初二年（421年）刘裕又指使暗杀了司马德文，以帝王规格葬于冲平陵，此后南朝又立他支司马氏后裔为零陵王，以奉晋朝祭祀，至南朝梁，零陵国不复存在。
另外一支司马氏成员，因在南朝遭遇刘裕的清算，而流亡至北朝政权，而北朝政权因与南朝对立，也扶持司马氏对抗南朝刘宋政权，司马氏后裔司马楚之为北魏琅邪王，义熙年间躲避刘裕的迫害，亡入蛮中，又逃亡河南，募兵与刘裕相抗，又有司马子如为东魏“四贵”之一，其子司马消难为北齐国戚，因不满高氏统治而投降北周宇文氏，在杨坚取代北周的过程中，与尉迟迥共同起兵讨伐杨坚，被杨坚击败，流亡南陈，司马消难在南陈灭亡时病逝，司马氏从此门宗凋零，逐渐分徙到其他地方，在南北朝分裂结束，隋朝重新统一中国的同时，河内司马氏作为士族的历史也走向终结。
墓葬遗址
西晋-东晋诸帝陵
高祖宣皇帝司马懿：高原陵
世宗景皇帝司马师：峻平陵
太祖文皇帝司马昭：崇阳陵
世祖武皇帝司马炎：峻阳陵
惠帝司马衷：太阳陵
（以上为西晋君主陵号，集中位于今洛阳市北邙山，东晋政权北伐时别称洛阳西晋皇陵为“五陵”。晋怀帝司马炽与晋愍帝司马邺被前赵所俘，因此没有葬于皇陵。）
东晋
中宗元皇帝司马睿：建平陵
肃祖明皇帝司马绍：武平陵
显宗成皇帝司马衍：兴平陵
康皇帝司马岳：崇平陵
孝宗穆皇帝司马聃：永平陵
哀皇帝司马丕：安平陵
太宗简文皇帝司马昱：高平陵
烈宗孝武皇帝司马曜：隆平陵
安皇帝司马德宗：休平陵
恭皇帝司马德文：冲平陵
（以上为东晋君主陵号，集中位于今江苏省南京市地方，第七位皇帝司马奕因被桓温废为海西公，因此没有皇陵。）
南北朝时期
四司马墓，北魏司马昇、司马昞、司马景、司马绍四人墓志，出于河南省孟县。
北魏琅邪王、司空司马金龙墓，出于山西省大同县石家寨北。