窈娘尸身被打捞上来之后，这首诗也被发现。武承嗣见诗大怒，因为不仅是一个美女因此诗丧命，更重要的是，“意气雄豪非分理，骄矜势力横相干”这两句诗揭了他的老底。
于是，他很快就指使酷吏来俊臣给乔知之网罗重大罪名，下狱处死，并灭族。
武承嗣夺人所爱以致香消玉殒，本应问心有愧羞惭无地，竟然因为苦主发发牢骚就如此疯狂报复。
宋之问涉嫌因诗杀人，乔知之则是因诗被杀。
对乔知之之死，沈佺期很痛心，但面对如日中天的武承嗣，他又能如何呢？
在西晋，孙秀杀害石崇不过十几天后，就在新一轮的权力角逐中被杀。
在大唐，武承嗣杀害乔知之的下一年也就死掉了。
为了争做太子，武承嗣除残酷迫害反对者外，对武则天及其宠臣极尽阿谀之能事。
长寿二年（693年）九月，武承嗣率五千人上表，请加尊号“金轮圣神皇帝”；延载元年（694年）五月，武承嗣又率二万六千余人，请加尊号“越古金轮芒神皇帝”。武承嗣等两次请加尊号，武则天都接受了，并高兴得大赦天下。
从垂拱元年（685年）至天册万岁元年（695年），武则天宠信薛怀义（即冯小宝），神功元年（697年）以后，武则天宠相张易之、张昌宗兄弟。武承嗣、武三思兄弟，对薛怀义“皆执僮仆之礼以事之”，“怀义欲乘马，承嗣、三思必为之执辔”。对张易之、张昌宗兄弟，他们“争为执辔，谓易之为五郎，昌宗为六郎”。
武则天对武承嗣很信任，她觉得武承嗣等人的“自古天子未有以异姓为嗣者”，也有道理，所以在立子、立侄为太子问题上，长期犹豫不决。可是，在朝廷大臣李昭德，狄仁杰、吉顼等人的不断劝说下，武则天终于做出立子不立侄的最后决定。
圣历元年（698年），武承嗣因为做太子的幻想彻底破灭，忧愤而死。
酷吏来俊臣也没好下场，比武承嗣死的还早一些。
他无赖出身，善于告密，得到武则天信任，先后任侍御史、御史中丞、太仆卿，组织数百名无赖专事告密，设立推事院，联合党羽朱南山等撰写《罗织经》，制造各种残酷刑具，大兴刑狱，采取刑讯逼供手段，任意捏造罪状致人死地，大臣和李唐宗室遭到枉杀灭族者达数千家。
后来来俊臣竟企图陷害武氏诸王、太平公主、张易之等武则天最亲信的人物，诬告皇嗣李旦和庐陵王李显谋反，遭到卫遂忠告发。
万岁通天二年（697年），武氏诸王与太平公主等乘机揭露来俊臣种种罪恶。武则天下令处死来俊臣，将其酷吏党徒全部流放岭南，延续十四年之久的恐怖“酷吏政治”宣告结束。
圣历三年（699年），沈佺期被武则天选中修撰《三教珠英》，升职为正六品上的通事舍人，沈佺期的文学特征也开始有了些变化。
“彩楼大战”，沈佺期只因自己的诗结尾不够阳光，输给了宋之问。然而，细品沈佺期诗集中的句子，其实比宋之问要强。
以刻板着称的应制诗，和苏味道、李峤他们相比，沈佺期的诗，读起来也是有美不胜收之感，像《人日重宴大明宫赐彩缕人胜应制》这首诗，其中“山鸟初来犹怯啭，林花未发已偷新”，语法就十分活泼，“偷新”两字尤其生动。后来《红楼梦》中林黛玉有“偷来梨蕊三分白”一句，这一“偷”字想必就是从沈佺期这里“偷”来的。
这一时期，武则天带着二张和一群“珠英学士”们四处游玩，沈佺期也在其中，写下了《从幸香山寺应制》、《嵩山石淙侍宴应制》等众多应制诗。
圣历三年（700年）五月，武则天在嵩山石淙河这一景区建了座三阳宫，宴乐之余，她亲自写了一首《石淙》诗，于是李显、李旦、武三思、狄仁杰、张易之、张昌宗、姚崇、李峤、苏味道、崔融等人纷纷应和，沈佺期也位列其中，可见他当时是何等受恩宠了。
沈佺期在《从幸香山寺应制》中写道：“南山奕奕通丹禁，北阙峨峨连翠云。岭上楼台十地起，城中钟鼓四天闻。旃檀晓阁金舆度，鹦鹉晴林采眊分。愿以醍醐参圣酒，还将只苑当秋汾。”
因修书有功，一批官员被升职，沈佺期也于长安二年（702年）被提升为从五品上的考功员外郎，负责贡举。
在唐朝，考功员外郎主要从事科举考试的一些事宜。唐朝科考一般是三年一举行，沈佺期作为京官，非大比之年并不是很忙，公事之余他的主要工作仍然是侍从武皇，做诗应对。
沈佺期随武则天去过嵩山，去过龙门（今四川广元）、七盘岭（今陕西勉县），瀛洲（今河北河间）等地，分别有诗《过蜀龙门》、《夜宿七盘岭》、《登瀛洲城南楼寄远》。
随后，沈佺期由考功郎晋升为给事中，然后做了尚书。沈佺期在给事中任上三年，尚书任上五年。他在《自考功员外授给事中》诗中记录了自己的升迁之路：
“南省推丹地，东曹拜琐闱。
惠移双管笔，恩降五时衣。
出入宜真选，遭逢每滥飞。
器惭公理拙，才谢子云微。
案牍遗常礼，朋僚隔等威。
上台行揖让，中禁动光辉。
旭日千门起，初春八舍归。
赠兰闻宿昔，谈树隐芳菲。
何幸盐梅处，唯忧对问机。
省躬知任重，宁止冒荣非。”
武则天的五言诗做得很好，书法也很有名气，她的飞白为古今一绝，所以她对才人也格外看重，沈佺期也是她当时看重的俊才之一。
“南省推丹地，东曹拜琐闱”，就是当时详细的描述。
“惠移双管笔，恩降五时衣。出入宜真选，遭逢每滥飞”，这四句说明了沈佺期当时所受到的恩遇以及因得宠而遭到同僚的妒忌与中伤。
“案牍遗常礼，朋僚隔等威。上台行揖让，中禁动光辉。”此诗句恰如其分地描述了给事中这个官职在中书省的地位与威风。
给事中为同三品，具体负责中书省的日常政务工作。尚书在唐时一般由正三品以上官员充任，位列九卿，完全可以用“显赫”形容。
沈佺期在《移禁司刑》诗中说：“宠迈乘轩鹤，荣过食稻凫。何功游画省，何德理黄枢。”这是他在做尚书时享受的待遇。