流放期间，曾经有过一次天下大赦，但没有他沈佺期。
他痛哭之余，写下《赦到不得归题江上石》一诗，其中最后一段写：“翰墨思诸季，裁缝忆老妻。小儿应离褓，幼女未攀笄。梦蝶翻无定，蓍龟讵有倪。谁能竟此曲，曲尽气酸嘶。”
沈佺期流放到驩州，是一个人去的，妻子儿女都不在身边。这次打击对沈佺期的影响还是很大的。
好在陪着他的，还有诗。沈佺期挺了过来。
这段时间内，沈佺期的作品不再是一团和气，其中更多了些诗人的真实感情，这些作品也成为他作品中的上品之作。
沈佺期在寄给朋友杜审言的诗《遥同杜员外审言过岭》中说：“天长地阔岭头分，去国离家见白云。洛浦风光何所似，崇山瘴疠不堪闻。南浮涨海人何处，北望衡阳雁几群。两地江山万余里，何时重谒圣君。”
唐人好诗，多是征戍、迁谪、行旅、离别之作，往往能感动激发人意。
遭遇挫折后，沈佺期开始进行有限度的反思，仍坚韧地作好自己，寄情老庄、托意山水，“独坐寻周易，清晨咏老庄”，坐禅悟道，“处俗勒宴坐，居贫业行坛”，倾向于佛教寻求心灵的安放，“欲究因缘理，聊宽放弃惭”，“吾从释迦久，无上师涅盘。探道三十载，得道天南端。”
彼时中原盛行的是以神秀为代表的禅宗北宗，主张摒弃情欲、等级、生灭观念，以达到本性圆明，即所谓“时时勤拂拭，莫使有尘埃”。沈佺期接受的正是这样的观念。
在驩州生活了一年多，神龙三年（707年），五十二岁的沈佺期终于接到了赦书。
沈佺期写下《喜赦》诗曰：“去岁投荒客，今春肆眚归。律通幽谷暖，盆举太阳辉。喜气迎冤气，青衣报白衣。还将合浦叶，俱向洛城飞。”
沈佺期被召回长安，朝廷给他安排了个台州录事参军职务，但只是过渡性质，没实际上任。
其实在驩州，沈佺期也就待了一年多，但从被诬下狱开始算，这囚徒一样的日子足有四年。
此后，沈佺期面前是一条人生坦途：他很快被封为从六品的起居郎，这是个在朝堂上给皇帝言行做笔录的活儿，是能亲近天颜的清要官职。
后来，上官婉儿成立修文馆，里面的班底大多是原来的“珠英学士”，于是沈佺期也位列其中，和宋之问一样，都是“直学士”。两人又一起陪皇伴驾，四处写应制诗了。
当时上官婉儿经常撺掇中宗四处宴游，中宗喝得高兴了，就开赛诗会。沈佺期等写下了《奉和春日幸望春宫应制》《奉和立春游苑迎春》《幸梨园亭观打球应制》等一大堆诗。
有一天，中宗和众位大臣喝得东倒西歪，大家唱《回波词》一曲逗乐。这时居然有人公然嘲笑中宗怕老婆：“回波尔时栲栳，怕妇也是大好。外边只有裴谈，内里无过李老。”裴谈是当时的御史大夫，也是怕老婆出名的，被这样打趣，中宗也不以为忤。
趁着没上没下的气氛，沈佺期也灵机一动，乘机向皇帝要官：“回波尔时佺期，流向岭外生归。身名已蒙齿录，袍笏未复牙绯。”
“牙绯”——五品以上才是“绯红”色的官袍、象牙的笏板，而沈佺期是从六品起居郎，显然没资格穿用“牙绯”。在皇帝身边就是“近水楼台先得月”啊，中宗历来心软，一看老头也不容易，心一软就下了旨：赐沈佺期绯袍、鱼袋，升职为正五品上的中书舍人。
时隔不久，又发生了中宗暴死、李隆基起兵杀死韦后等重大事件。由于沈佺期经历过牢狱之灾，诸事小心，这场大动荡丝毫没有影响到他。沈佺期还是和上官婉儿、安乐公主她们保持着一定距离的。
先天元年（712年），宋之问被唐玄宗下诏处死，沈佺期却升了官，成了从四品的太府少卿。
这个官是“财神爷”，“掌财货、廪藏、贸易，总京都四市、左右藏、常平七署。凡四方贡赋、百官俸秩，谨其出纳。”是个肥缺，沈佺期应该是比较满意的。
过了两年，也就是开元二年（714年），他又做到了正四品的太子少詹事，陪皇太子读书。
没多久，五十九岁的沈佺期就因病去世了。
虽然经历了波折和磨难，但后来这一段仕途，沈佺期却是青云直上，在官职最高的时候去世，可谓善终于家，备享哀荣。后来他的大儿子沈子昌当了县令，另一个儿子沈东美官至太守，也算后继有人。
沈佺期死后归葬故乡内黄县，沈佺期墓在邑西十五里沈村。
尽管作为标准的宫廷诗人，沈佺期的主要创作动机都是赞美歌颂投帝王之所好，并未将创作本身放在第一位，但瑕不掩瑜，他在唐诗发展中的贡献不容忽视。尤其是他的七言律，在唐诗中可为冠。
“沈宋”的近体诗格律谨严精密，史论以为是律诗体制定型的代表诗人。
沈佺期的诗句对后代诗人有一定的启迪影响。
如他的“君不见昔日宜春太液边，披香画阁与天连”，直接关联出李白的“君不见，黄河之水天上来，奔流到海不复回”；
李白的“云青青兮欲雨，水澹澹兮生烟”，可看作是他“电耀耀兮龙跃，雷阗阗兮雨冥”的翻版；
他寄杜审言的“两地江山万馀里，几时重谒圣明君”，脱化出杜甫的“云白山青万馀里，愁看直北是长安”；
杜甫的“昔闻洞庭水，今上岳阳楼”，与他的“昔传漳江路，今到鬼门关”如出一辙。
“老杜律诗，布置法度全学沈佺期。”沈佺期在律诗发展中的地位可窥见一斑。
沈佺期的一生是一场力争不散的欢宴，一场流水席。无论菜式怎么换、客人怎么来来去去，他都是要安心要坐下去。即使他被迫离席，再回来仍陶醉于此，不管已经如何物是人非。
倘若沈佺期的抱负再大些，不局限于现世安好，可能文学成就会更高。